Від початку свого існування і аж до кінця XVIII ст., Львів був оточений потужними мурами, які захищали його жителів від численних небезпек. Одначе, ці стіни могли обороняти не всіх, позаяк місця було вельми небагато. Фактично, все місто було розміщене в такому собі “чотирикутнику” сучасних вулиць Братів Рогатинців – проспекту Свободи – Лесі Українки та вул. Підвальної. Природньо, що на такій невеликій ділянці могло проживати доволі небагато людей. За різними оцінками, чисельність Львова в різний час сягала від 10 до 22 тис. людей. Відповідно, саме місто було доволі щільно забудоване різними будинками та храмами. Тому, коли перші єзуїти прибули до Львова у 1584 р., на запрошення архієпископа Яна-Дмитрія Соліковського, вільного місця для будівництва їх храму не виявилось. Одначе, з плином часу, завдяки прихильності місцевої шляхти, серед яких особливу роль зіграли Софія Ганель та Ельжбета Сенявська, їм вдалось отримати ділянку землі, де вже стояли до цього інші будівлі, як це показано на зображені.

План будівель, які стали основою для єзуїтського комплексу.

На їх основі протягом 1610-1630 рр. було збудовано храм святих апостолів Петра та Павла. Після завершення робіт, підземні частини були адаптовані та використовувались в якості місць захоронень (крипт). Точного плану поховальних зал (за умови його існування), на разі, не знайдено, одначе достеменно відомо, що зал під храмом є набагато більше, ніж на даний час розчищено.

Вхід до крипт знаходився одразу під сучасним входом до підземель. Про це свідчать сходи, які ведуть донизу (одразу при вході), випадково знайдений прохід, яким завершуються ці сходи та план забудов, які знаходились між храмом та оборонними мурами міста. Очевидно, це був один з двох входів. Одначе, так як інший веде до дзвіниці, основним був той, який вів на дворик перед храмом. Позаяк зали, до яких вів головний вхід, були відкриті для відвідувачів, найімовірніше їх використання – місце для молитов. Родичі, друзі та близькі тих, хто був похований у цих криптах могли приходити для молитви за упокій їх душ. Звідси й фрески, які фрагментарно збереглись у цих залах.

Отвір, через який зараз ми можемо потрапити до підземель, зроблений 1997 р. під час перший археологічних розкопок під керівництвом археолога Миколи Бандрівського. Під час робіт були знайдені залишки монашого одягу,декоративні медальйони та інші речі, які належали єзуїтам. Одначе, головним здобутком цих розкопок стало відкриття стін будинку XIV ст., а також кераміки, яка типологічно відноситься до періоду XI-XIII ст.. Фактично, згідно даних археології, підземелля храму – унікальне місце, де можна побачити залишки Львова княжих та середньовічних часів. Одначе, про остаточне історико-культурне значення цих приміщень можна буде судити згодом, після завершення всіх розчищувальних робіт.

На даний час, в приміщеннях, які є розчищеними в “старій” частині підземелля можна побачити голову однієї з чотирьох скульптур, яка прикрашала оздоблення поховання вельмож, мури та портали будинку другої половини XIV ст., саркофаг львівського архієпископа Миколая Вижицького, який був зламаний у 1997 р., під час спроб верифікувати наявність чи відсутність поховання в ньому, а також портрети інших відомих осіб, які були також поховані  в цих криптах.

В 2016 р. вдалось розчистити та відкрити для відвідувачів праву частину храму, а також відкрити територію під колишньою каплицею св. Бенедикта, де, в свій час, була похована фундаторка храму – Ельжбета Сенявська, а згодом Єжи та Маріанна Дідушицькі.

Зали, де зараз знаходяться макети Львова є єдиними, де не було крипт. Це територія, яка належала колегії і використовувалась у її потребах. Зокрема, в залі, де знаходиться макет ранньомодерного Львова є замурований вихід на вже згаданий дворик між колегією та мурами міста.

Загалом, історія цих підземель ще має в собі багато таємниць, які дозволять по-новому поглянути на історію як храму, так і міста в цілому…